Como defino um frete como sendo grátis?
Como configurar o frete grátis no modo automático:
Acesse em sua loja o Menu Produtos> Lista de produtos > Clique na foto do produto que deseja inserir o frete grátis > Acesse Editar Produto > Editar título, preço, tags etc. 

No final da página, na opção "Este produto possui frete grátis?" clique nas formas de envio que irá oferecer como grátis > Confirme a atualização no botão "Atualizar dados do produto".

Para mais detalhes sobre o frete grátis por estado clique aqui e para mais detalhes sobre frete grátis por valor mínimo clique aqui.
Como configurar frete grátis no modo Manual:
Ao receber o pedido > Clique em "Calcular frete" > Informe as dimensões e peso do produto > Ao visualizar a tela com as opções de frete (elo7 + correios) selecione a opção que você irá arcar com o custo e no campo Valor líquido que você receberá pelo frete altere o valor para R$ 0,00 > Salvar.

Nas duas formas tanto automática quanto manual o comprador irá receber o valor de frete como R$ 0,00. Oferecendo o frete com desconto o vendedor poderá utilizar a PLP normalmente para o envio do produto.
Lembrando que quando o vendedor opta em oferecer frete grátis, deverá arcar com os custos da postagem.